Commit da57157a authored by Rudel Fankep's avatar Rudel Fankep
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parent e6f821cc
Verzeichnisstruktur beim prepare
dbname+_+tool. keine unterverzeichnisse: skripte wäre komplizierter. man müsste in jedem verzechnis gehen bei
operationen und wieder rauskommen
#!/bin/bash #!/bin/bash
TOOL_DIR=$1 TOOL_DIRECTORY=$1
TOOL_FILE=$2 TOOL_FILE=$2
cd $TOOL_DIR cd $TOOL_DIRECTORY
makeblastdb -dbtype prot -in $TOOL_FILE makeblastdb -dbtype prot -in $TOOL_FILE
cd - cd -
\ No newline at end of file
#!/bin/bash
WEB_FILE=$1
s3cmd del $WEB_FILE
\ No newline at end of file
#!/bin/bash
REMOTE_FILE=$1
s3cmd del $REMOTE_FILE
\ No newline at end of file
#!/bin/bash #!/bin/bash
TARGET_FILE=$1 REMOTE_TARFILE=$1
TARGET_DIR=$2 LOCAL_DATABASE_DIRECTORY=$2
FILE_NAME=$3 TARFILE=$3
cd $TARGET_DIR cd $LOCAL_DATABASE_DIRECTORY
s3cmd get $TARGET_FILE s3cmd get $REMOTE_TARFILE
tar -xzvf $FILE_NAME tar -xzvf $TARFILE
rm $FILE_NAME rm $TARFILE
cd - cd -
\ No newline at end of file
#!/bin/bash #!/bin/bash
TOOL_DIR=$1 TOOL_DIRECTORY=$1
TOOL_FILE=$2 RAW_FILE=$2
cd $TOOL_DIR cd $TOOL_DIRECTORY
ghostx db -i $TOOL_FILE -o ghostx_db ghostx db -i $RAW_FILE -o ghostx_db
cd - cd -
\ No newline at end of file
#!/bin/bash #!/bin/bash
TOOL_DIR=$1 TOOL_DIRECTORY=$1
TOOL_FILE=$2 RAW_FILE=$2
cd $TOOL_DIR cd $TOOL_DIRECTORY
hmmpress $TOOL_FILE hmmpress $RAW_FILE
cd - cd -
\ No newline at end of file
[]
\ No newline at end of file
This diff is collapsed.
#!/bin/bash #!/bin/bash
DOWNLOAD_DIR=$1 LOCAL_DATABASE_DIRECTORY=$1
cd $DOWNLOAD_DIR cd $LOCAL_DATABASE_DIRECTORY
wget https://card.mcmaster.ca/download/0/broadstreet-v3.0.3.tar.gz wget --content-disposition https://card.mcmaster.ca/latest/data
tar xjf broadstreet-v3.0.3.tar.gz tar xfa card-data.tar.bz2
rm broadstreet-v3.0.3.tar.gz rm card-data.tar.bz2
cd - cd -
\ No newline at end of file
#!/bin/bash #!/bin/bash
DOWNLOAD_DIR=$1 LOCAL_DATABASE_DIRECTORY=$1
cd $DOWNLOAD_DIR cd $LOCAL_DATABASE_DIRECTORY
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz
gunzip Pfam-A.hmm.gz gunzip Pfam-A.hmm.gz
cd - cd -
\ No newline at end of file
#!/bin/bash #!/bin/bash
DOWNLOAD_DIR=$1 LOCAL_DATABASE_DIRECTORY=$1
cd $DOWNLOAD_DIR cd $LOCAL_DATABASE_DIRECTORY
wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/knowledgebase/uniprot_sprot.fasta.gz wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/knowledgebase/uniprot_sprot.fasta.gz
gunzip uniprot_sprot.fasta.gz gunzip uniprot_sprot.fasta.gz
cd - cd -
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/env python
import pkg_resources
print(pkg_resources.resource_filename(__name__, "blast_db.sh"))
Dbxref Quellcode, evtl. als Vorlage nutzbar: https://git.computational.bio.uni-giessen.de/SOaAS/dbxref/tree/master/dbxref Dbxref Quellcode, evtl. als Vorlage nutzbar: https://git.computational.bio.uni-giessen.de/SOaAS/dbxref/tree/master/dbxref
Beschreibung: Beschreibung:
...@@ -36,16 +35,8 @@ Beispieldatenbanken: ...@@ -36,16 +35,8 @@ Beispieldatenbanken:
Evtl. kann auch biomaj für das Problem genutzt werden: https://biomaj.genouest.org/ Evtl. kann auch biomaj für das Problem genutzt werden: https://biomaj.genouest.org/
#####sudo apt-get install ncbi-blast+######
Beispielaufrufe: Beispielaufrufe:
upload only name write. ort soll bekannt sein
entpacken beim download (tar xzf)
# Vorher: In dem Datenbankverzeichnis liegt keine swiss-prot Datenbank fuer ghostx # Vorher: In dem Datenbankverzeichnis liegt keine swiss-prot Datenbank fuer ghostx
dbman prepare "UniprotKB/swiss-prot" "ghostx" dbman prepare "UniprotKB/swiss-prot" "ghostx"
-> Ergebnis: In dem Datenbankvorbereitungsverzeichnis liegt die ghostx Datenbank. die datenbank kann benutzt werden -> Ergebnis: In dem Datenbankvorbereitungsverzeichnis liegt die ghostx Datenbank. die datenbank kann benutzt werden
...@@ -82,15 +73,14 @@ entpacken beim download (tar xzf) ...@@ -82,15 +73,14 @@ entpacken beim download (tar xzf)
pfam[hmmer] version: x.y.z erstellt am: <datum> pfam[hmmer] version: x.y.z erstellt am: <datum>
default='s3://db_storage'
ordner mit entsprechende namen!!!!
Database repository---> https://github.com/MGX-metagenomics/databases/blob/master/card.build Database repository---> https://github.com/MGX-metagenomics/databases/blob/master/card.build
anzeigen lassen---> echo $VARIABLE anzeigen lassen---> echo $VARIABLE
löschen---> unset VARIABLE löschen---> unset VARIABLE
setzen---> export VARIABLE = pfad setzen---> export VARIABLE = pfad
https://setuptools.readthedocs.io/en/latest/pkg_resources.html#basic-resource-access
-->ResourceManager API¶
https://docs.python.org/3.7/library/tempfile.html
\ No newline at end of file
#!/bin/bash #!/bin/bash
DATA_DIR=$1 LOCAL_DATABASE_DIRECTORY=$1
TARGET_DIR_NAME=$2 DATABASE_TARFILE=$2
TARGET_DIR=$3 DATABASE_DIRECTORY=$3
UPLOAD_DIR=$4 REMOTE_DATABASE_DIRECTORY=$4
cd $DATA_DIR cd $LOCAL_DATABASE_DIRECTORY
tar -czvf $TARGET_DIR_NAME $TARGET_DIR tar -czvf $DATABASE_TARFILE $DATABASE_DIRECTORY
s3cmd put $TARGET_DIR_NAME $UPLOAD_DIR s3cmd put $DATABASE_TARFILE $REMOTE_DATABASE_DIRECTORY
rm $TARGET_DIR_NAME rm $DATABASE_TARFILE
cd - cd -
\ No newline at end of file
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